Структура папок исследовательского проекта: версии и артефакты

Через год после защиты проектная папка обычно выглядит как археологический слой: данные_новые, данные_новые_2, финал, финал_правки, старое_не_трогать. Восстановить логику невозможно, а передать проект коллеге — тем более.

Правильная структура — скучная и предсказуемая. Ниже — рабочая схема.

Базовая структура

project/
  README.md
  data/
    raw/
    processed/
  code/
  docs/
    manuscript/
    notes/
  refs/
  output/
    figures/
    tables/
  archive/

Пояснения:

raw — исходные данные, которые нельзя менять.
processed — очищенные и объединённые данные.
code — скрипты обработки и графиков.
docs — текст, заметки, протоколы.
refs — библиография и PDF.
output — результаты, которые можно удалить и пересобрать.
archive — старые версии и сданные материалы.

Правила именования

Дата в формате ISO. 2026-10-20_протокол.pdf.
Никаких пробелов. Используйте дефисы или подчёркивания.
Латиница. Кириллица ломает скрипты и архивы.
Версия в имени. v01, v02, а не «финал».
Коротко и осмысленно. survey_2026-09_clean.csv.
Без личных данных. Имена участников — только в защищённой папке.

Запрещённые имена: final, final2, new, копия, исправленный.

Почему raw нельзя трогать

Исходные данные — доказательство. Если вы «поправили» их вручную, воспроизвести анализ невозможно.

Делайте копию в processed.
Все изменения — скриптом.
Ошибки в raw фиксируйте в журнале и исправляйте отдельным файлом с пометкой.

README: пять абзацев, которые спасают

Что это за проект и кто автор.
Откуда данные и когда собраны.
Как запустить обработку (команда, порядок скриптов).
Что где лежит (краткая карта папок).
Ограничения и известные проблемы.

README обновляется при изменении структуры. Устаревший README хуже отсутствующего.

Версии

Текст. История версий в облаке или Git.
Код. Git с осмысленными коммитами (Pro Git).
Данные. Дата и версия в имени; старые версии — в archive.
Библиография. Zotero хранит базу в папке данных; копируйте её целиком (Zotero).

История версий Office работает для файлов в OneDrive или SharePoint (Microsoft Support); для локальных файлов её нет.

Резервные копии

Рабочая копия на ноутбуке.
Копия на внешнем диске.
Копия в облаке или на сервере вуза.
Проверка восстановления раз в месяц.
Журнал копий: когда и что.

Синхронизация Zotero не заменяет резервную копию (Zotero): удаление на одном устройстве отражается на остальных.

Архив и передача

Перед передачей проекта:

удалите временные файлы;
проверьте, что скрипты запускаются с нуля;
приложите README и список зависимостей;
укажите, какие данные конфиденциальны;
заархивируйте папку с датой;
передайте доступ, а не копию на флешке.

Получатель должен суметь воспроизвести ключевую таблицу или график без ваших пояснений.

Типичные ошибки

Данные в папке с текстом. Пересборка ломается.
Файлы с пробелами. Скрипты падают.
Нет README. Проект живёт только в голове автора.
«Финальная» версия в трёх экземплярах. Непонятно, что сдано.
Бэкап на том же диске. При поломке теряется всё.
PDF источников вперемешку с данными. Поиск занимает минуты.

Пример для одного эксперимента

project/
  data/raw/exp01/
    survey_2026-09.csv
    protocol_2026-09.pdf
  data/processed/exp01/
    survey_clean_v01.csv
  code/
    clean_survey_v01.py
    figures_v01.py
  output/exp01/
    table1.csv
    figure1.png

Такой набор можно передать коллеге: он видит, что исходное, что производное и чем это получено.

Журнал изменений

Один файл CHANGELOG.md в корне проекта. Формат простой:

дата;
что изменено;
зачем;
какой файл затронут.

Запись в две строки экономит часы объяснений. Особенно если данные правились после замечаний руководителя.

Права доступа и чувствительные данные

Персональные данные — только в защищённом хранилище вуза.
В общей папке — обезличенные выгрузки.
Доступ выдаётся пофамильно, а не «всем сотрудникам».
Список тех, у кого есть доступ, хранится отдельно.
При передаче проекта доступ отзывается у прежних участников.

Если в данных есть имена, адреса или номера документов, папка не синхронизируется с личным облаком.

Шаблон README

Название и цель проекта.
Автор и контакт.
Источник данных и дата сбора.
Структура папок.
Порядок запуска скриптов.
Требования к окружению.
Ограничения и известные проблемы.
Лицензия или правила использования.

README пишется в начале, а не в конце. Дописывать проще, чем восстанавливать по памяти.

Что делать при смене темы

Тема меняется чаще, чем кажется. Правила:

старую папку не удаляйте, а переносите в archive;
новый проект начинайте с чистого каталога;
общие источники выносите в отдельную библиотеку;
README нового проекта ссылается на старый, если данные пересекаются.

Передача данных в журнал

Многие журналы просят данные и код при подаче. Подготовьте заранее:

таблицу с описанием переменных;
инструкцию по запуску;
список пропущенных значений;
версию скрипта, которой получены результаты;
лицензию на использование данных.

Папка output в таком архиве не нужна: её можно пересобрать.

Мини-проверка структуры за десять минут

Откройте корень проекта.
Убедитесь, что видны data, code, docs.
Проверьте, что в raw нет файлов с датой сегодняшнего дня.
Найдите файлы с пробелами в имени.
Откройте README и пройдите по шагам запуска.
Удалите пустые папки.
Проверьте, что резервная копия свежая.

Как быть с общими файлами в команде

У каждого раздела один ответственный.
Общие файлы лежат в одном месте, а не в личных папках.
Правки в общий файл вносятся по очереди.
Крупные изменения обсуждаются до сохранения.
Раз в неделю делается снимок общей папки.

Что не хранить в проекте

Личные фото и документы.
Черновики, не относящиеся к исследованию.
Установщики программ.
Дубликаты архивов.
Файлы с именами вида «копия копии».

Каждый лишний файл усложняет поиск и увеличивает архив.

Как объяснить структуру коллеге

Покажите не схему, а файл: «вот исходные данные, вот скрипт, вот результат». Коллеге достаточно знать три вещи: где брать данные, чем их обрабатывают и куда складывать итог. Всё остальное он найдёт по README.

Чек-лист

Папки raw/processed/output разделены.
Имена файлов по схеме.
README написан.
Версии фиксируются.
Три копии данных.
Архив с датой.
Скрипты запускаются с нуля.
Конфиденциальные данные отмечены.

Частые вопросы

Нужна ли отдельная папка для каждого эксперимента?

Да, если экспериментов несколько: data/raw/exp01, exp02. Так проще сравнивать и архивировать.

Можно ли хранить данные в облаке?

Да, если это разрешено политикой вуза и данные не содержат чувствительной информации. Для персональных данных — только защищённые хранилища.

Сколько версий держать?

Последнюю рабочую, сданную и одну предыдущую. Остальное — в архив.

Что делать со старыми скриптами?

Хранить в archive/code с датой. Они объясняют, как получены старые результаты.

Как передать проект, если он на 200 ГБ?

Внешний диск плюс README. Облако может не подойти по лимитам; проверьте скорость канала.